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日本傳說中的「荒神」其實是一種以寄生的方式存在的類植物生命體，而荒神散播出的種子則會使得地球回歸成只有植物的綠色大地。
日本神話中的英雄「須佐之男」其實是荒神的首領；而他從八岐大蛇口中救出的女孩「奇稻田姬」則成了封印荒神的巫女（活的人柱），並且於奇稻田一族裡代代轉生。一旦巫女因故死亡，那麼所有的荒神也將同時死亡；但巫女活著，又會壓制它們的力量。所以歷代的奇稻田姬都會受到嚴密的保護，而荒神們也處於「想殺死奇稻田姬，卻又得保護她」的矛盾之中。
這樣的狀況一直到了近代發生了改變。繼承了奇稻田姬力量的是一對孿生姐妹：「藤宮紅葉」和「藤宮楓」。由於封印的分散導致其力量減弱，使得荒神們又逐漸恢復了力量，而須佐之男也開始甦醒。於是荒神們製造了一個結界，準備在裡面殺死藤宮紅葉，以確保自身不受影響。但一個神秘的少年「草薙護」卻打算在荒神動手之前搶先殺死藤宮紅葉。
原來八岐大蛇將自己的七個魂注入草薙護的體內，並且由草薙護來保護藤宮楓，以免在成功對付奇稻田一族前就因藤宮楓的死而功虧一簣；沒料到，在保護藤宮楓的時候，草薙護對藤宮楓動了感情。而在藤宮楓死後，草薙護想殺死藤宮紅葉，以結束自己的命運、而使自己恢復自由之身；然而，漸漸地，他卻對藤宮紅葉產生了一份難以言喻的感情……