眾神所愛之地，艾奧傑亞（エオルゼア）。
覬覦這塊水晶力量豐沛之地的北方大國「迦雷瑪爾帝國」決定採取侵略行動。
而相對的，艾奧傑亞的都市國家群，全力集結了轄下所有都市的軍事與經濟力量設立統合司令部大同盟（グランドカンパニー），準備對抗接下來的戰亂時代。
但在此時，迦雷瑪爾帝國的將領，涅爾・凡・達那斯瘋狂地將侵略戰改為毀滅戰。
殞星計畫（メテオ計劃）……。
這是將古代亞拉古帝國（アラグ帝国）的遺物月之衛星「血色之月」，藉由「將流星招往大地的古代魔法隕星」使其墜落，讓艾奧傑亞化為焦土的恐怖作戰。
面對這樣的危機，各國的大同盟彼此攜手，組成了艾奧傑亞同盟軍。
冒險者們也因應艾奧傑亞同盟軍的號召，打倒了隕星計畫的主謀涅爾・凡・達那斯，
但是，「血色之月」的衝擊已經無可避免。
艾奧傑亞同盟軍於是招來學術都市「夏雷安（シャーレアン）」的賢者魯伊佐瓦・露維尤爾（ルイゾワ・ルヴェユール）大師擔任軍師，施展讓艾奧傑亞所信仰的十二神之力顯現、將「血色之月」逼回天際的秘術。
但是，想要完成十二神的召喚，必須在「血色之月」落下之處進行儀式，而那個地方就是艾奧傑亞中央的卡爾提諾平原（カルテノー平原）。
駐紮在該地的是涅爾麾下的帝國軍第 7 軍團，並被未告知作戰的真正目的，只收到「死守此地」的命令佔據著陣地。
加入冒險者的艾奧傑亞同盟軍以及迦雷瑪爾帝國軍在卡爾提諾平原上展開決戰。
在激戰途中，逼近艾奧傑亞的「血色之月」發生了異常的變化，「血色之月」的外殼粉碎，內部出現了古代的蠻神巴哈姆特！
「隕星計畫」的真正目的，就是讓這個古代的蠻神甦醒。
超越了數千年的時間、在現代甦醒的巴哈姆特處於發狂的狀態，一邊發出超新星火焰（メガフレア）一邊在天空中飛翔。
魯伊佐瓦在此時緊急發動十二神的力量守護了我方的軍勢，並嘗試再次封印巴哈姆將之送回天際，但是在蠻神強大的力量之前，僅一步之遙，儀式以失敗告終。
在最後毀滅的瞬間……
魯伊佐瓦使出了十二神中的其中一柱，也就是掌管時間與空間的神「亞爾吉克（アルジク）」的力量，將一小部分的冒險者，傳送到次元的狹縫內。
將希望託付在新生的未來。
而接下來的故事，將在《Final Fantasy XIV：新生艾奧傑亞》中繼續。
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